Устанавливаем certbot

yum install certbot

Выпускаем сертификат

certbot certonly --force-renewal --preferred-chain "ISRG Root X1"

Подготавливаем сертификаты и складываем в нужные места

cp /etc/letsencrypt/live/domain.ru/privkey.pem /opt/zimbra/ssl/zimbra/commercial/commercial.key
chown zimbra:zimbra /opt/zimbra/ssl/zimbra/commercial/commercial.key
wget -O /tmp/ISRG-X1.pem https://letsencrypt.org/certs/isrgrootx1.pem.txt
cat /tmp/ISRG-X1.pem >> /etc/letsencrypt/live/domain.ru/chain.pem
cp /etc/letsencrypt/live/domain.ru/cert.pem /tmp/commercial.crt
cp /etc/letsencrypt/live/domain.ru/chain.pem /tmp/commercial_ca.crt

Далее все как обычно, установка сертификата...

Заходим на сервер ZIMBRA.

su zimbra
zmprov mcf zimbraGalInternalSearchBase ROOT
zmprov mcf zimbraGalSyncInternalSearchBase ROOT

Остается только перезагрузить Zimbr'у

all_accounts=`zmprov -l gaa`;
for account in $all_accounts;
do mbox_size=`zmmailbox -z -m $account gms`;
echo "Mailbox size of $account = $mbox_size";
done ;
Скрипт на питоне:
#!/usr/bin/env python
import subprocess

accs = {
'info@test.ru': 'povP8Pa49P',
'vozvrat@test.ru': 'XQkqN97CPj',
}

for email, password in accs.items():
        print "zmprov ca "+email+" "+password
        subprocess.check_output("zmprov ca "+email+" "+password, shell=True)
        print "OK"
Можно добавить опций для смены дефолтного шаблона https://wiki.zimbra.com/wiki/Zmprov_Examples

Иногда возникает необходимость получать все письма, которые приходят на ящики домена, в один ящик. Делается в одну команду:

zmprov modifyAccount catchtest@domen.ru zimbraMailCatchAllAddress @domen.ru
Подробней здесь Managing_Domains